A proposta pedagógica do Centro Educacional Bom Jesus leva em conta a Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional – LDB 9.394\96, a Constituição Brasileira, o Estatuto da Criança e do Adolescente, o disposto nos Parâmetros Curriculares Nacionais – PCN. A metodologia de ensino do Centro Educacional Bom Jesus está baseada na proposta construtivista, ou seja, o objetivo é levar a criança a explorar e descobrir todas as possibilidades do seu corpo, dos objetivos e relações, do espaço e através disso, desenvolver a sua capacidade de observar, descobrir e pensar.